Philippe ORTET

Philippe ORTET

Chercheur CEA
Équipe BEAMM
J’ai démarré ma carrière en informatique dès mon plus jeune âge, en obtenant une Licence-Maîtrise en informatique avec une spécialisation en Bases de Données et Interface Homme-Machine en 1994 avec le début de la démocratisation d’Internet. Après un DEA en Information Scientifique et Technique, j’ai réalisé mon stage au CEA Saclay, où j’ai mis en place la première base documentaire du CEA sur le Web. Après une embauche en 1996, j’ai travaillé sur la création du serveur Web de la Direction de l’Information Scientifique et Technique du CEA. En 2000, j’ai rejoint la Direction des Sciences du Vivant, où j’ai pris en charge l’administration des serveurs UNIX et participé à des projets de calculs haute performance (HPC). Cela m’a amené à me spécialiser en bioinformatique, notamment en développant des applications spécifiques en gestion de données omics, et plus particulièrement en participant à des projets d’annotation de génomes et d’analyses transcriptomiques. En 2007, j’ai intégré le LEMIRE, où j’ai conçu un outil d’annotation génomique collaboratif. J’ai également créé plusieurs bases de données expertes en génomique environnementale, dont l’impact est visible à travers plus de 3000 utilisateurs mensuels et plus de 160 citations scientifiques. Ces recherches en génomique ont conduit à la publication de plusieurs articles, en lien avec des projets comme RootAdapt, MOPAD, et DIETETIC, qui se concentrent sur l’analyse de génomes et de métabolomes dans des contextes environnementaux et industriels. En 2018, j’ai soutenu ma thèse et profité de cette opportunité pour mener mes propres recherches essentiellement in silico sur les systèmes de régulation transcriptionnelle et de chiomiotactismes chez les procaryotes. C’est sur cette thématique que j’ai intégré l’équipe BEAMM avec un focus sur les microorganismes magnétotactiques.
Philippe ORTET

Philippe ORTET

Researcher CEA
Team BEAMM
I began my career in computer science at a young age, earning a Bachelor’s and Master’s degree in Computer Science with a specialization in Databases and Human-Computer Interfaces in 1994, with the start of the democratization of Internet. After a postgraduate degree in Scientific and Technical Information, I completed my internship at CEA Saclay, where I set up the CEA’s first web-based database. After being hired in 1996, I worked on the creation of the web server for the CEA’s Scientific and Technical Information Department. In 2000, I joined the Life Sciences Department, where I was responsible for UNIX server administration and participated in high-performance computing (HPC) projects. This led me to specialize in bioinformatics, notably by developing specific applications for omics data management, and more specifically by participating in genome annotation and transcriptomic analysis projects. In 2007, I joined LEMIRE, where I designed a collaborative genomic annotation tool. I also created several expert databases in environmental genomics, whose impact is visible through more than 3,000 monthly users and over 160 scientific citations. This genomics research has led to the publication of several articles, related to projects such as RootAdapt, MOPAD, and DIETETIC, which focus on the analysis of genomes and metabolomes in environmental and industrial contexts. In 2018, I defended my thesis and took this opportunity to conduct my own research, primarily in silico, on transcriptional regulation and chemotaxis systems in prokaryotes. It is on this theme that I joined the BEAMM team, focusing on magnetotactic microorganisms.

Postes occupés

  • 1995-2001 – Ingénieur CEA en ingienierie linguistique (traitement du langage naturel) –
  • 2001-2018 – IR CEA – BIAM
  • Depuis 2014 – Expert Senior CEA en Bioinformatique – BIAM
  • Depuis 2018 – Chercheur CEA en génomique environnementale – BIAM

Cursus

  • 1995 – Maitrise Informatique – Paris VI
  • 1996 – DEA Information Scientifique et Technique Option informatique et Trairtement du langage naturel – Paris VI
  • 2018 – Thèse en Génomique et Bioinformatique – Aix-Marseille Unviersité

Champs d'expertise

  • Bioinformatique
  • Traitement et analyses de données multi-omics
  • IA appliquée à la prédiction structure-fonction de protéines

Publications

Positions held

  • 1995-2001 – Ingénieur CEA en ingienierie linguistique (traitement du langage naturel) –
  • 2001-2018 – IR CEA – BIAM
  • Depuis 2014 – Expert Senior CEA en Bioinformatique – BIAM
  • Depuis 2018 – Chercheur CEA en génomique environnementale – BIAM

Fields of expertise

  • Bioinformatic
  • Multi-omics data processing and analysis
  • AI applied to protein structure-function prediction

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